Dr. Abdullah Othman menerima pendidikan awal dalam bidang sains melalui sistem pendidikan konvensional dan bergraduasi dengan Ijazah Sarjana Muda Sains dari National University of Singapore (NUS). Pencarian beliau terhadap suatu pandangan alam yang lebih holistik membawanya ke International Institute of Islamic Thought and Civilization (ISTAC), Malaysia, di mana beliau memperoleh Ijazah Sarjana dalam Sains Islam di bawah bimbingan para sarjana terkemuka, termasuk Profesor Syed Muhammad Naquib al-Attas dan Profesor Wan Mohd Nor Wan Daud. Didorong oleh minat mendalam terhadap pendidikan Islam dan pengislaman ilmu kontemporari, beliau kemudian menyelesaikan pengajian doktoral dalam Pendidikan Islam di Akademi Pengajian Islam, Universiti Malaya.

​

Dr. Abdullah merupakan antara ahli pengasas Al-Zuhri Institute serta institusi afiliasinya—Andalus, Cordova, dan Darul Andalus. Sejak penubuhannya, beliau terus aktif berperanan sebagai ahli lembaga pengarah, menyumbang kepada visi dan pembangunan institusi-institusi tersebut dari awal sehingga kini.